Fundacja im. Stefana Batorego jest niezależną, niedochodową organizacją pozarządową o statusie organizacji pożytku publicznego, zarejestrowaną w Krajowym Rejestrze Sądowym pod numerem 0000101194.
Fundacja działa na rzecz budowy otwartego, demokratycznego społeczeństwa, społeczeństwa ludzi świadomych swych praw i obowiązków, angażujących się w sprawy swojej wspólnoty lokalnej, swojego kraju i społeczności międzynarodowej.
Do priorytetowych zadań Fundacji należą: poprawa jakości polskiej demokracji, wzmacnianie roli obywateli i instytucji obywatelskich w życiu publicznym, rozwijanie współpracy i solidarności międzynarodowej w Unii Europejskiej i w Europie środkowo-wschodniej.
Podstawową metodą działania Fundacji jest udzielanie dotacji organizacjom działającym na rzecz dobra publicznego. Fundacja realizuje też własne projekty: organizuje akcje i kampanie społeczne, prowadzi działania eksperckie i rzecznicze, monitoruje funkcjonowanie instytucji publicznych, organizuje debaty i konferencje.
Fundacja współpracuje z instytucjami z kraju i zagranicy. Jest członkiem Europejskiego Stowarzyszenia Organizacji Filantropijnych Philea (Philanthropy Europe Association) w Brukseli oraz Europejskiego Forum Obywatelskiego (European Civic Forum) w Paryżu. Współpracuje z Europejską Siecią Społeczeństwa Otwartego (Open Society European Network) i Transparency International. Uczestniczy w pracach Forum Społeczeństwa Obywatelskiego działającego w ramach unijnej inicjatywy Partnerstwa Wschodniego (Eastern Partnership Civil Society Forum).
W swojej działalności Fundacja kieruje się zasadami przejrzystości, otwartości i równego dostępu w procesie przyznawania dotacji. O swoich działaniach, w tym o możliwości ubiegania się o dotacje oraz decyzjach o rozdziale środków, informuje na bieżąco na stronie internetowej www.batory.org.pl. Coroczne sprawozdania z działalności Fundacji, wraz z pełną listą przyznanych dotacji, poddawane są audytowi zewnętrznemu i udostępniane publicznie.